Cadde vittima di una congiura organizzata dai due fratelli Ludovico e Checco della nobile famiglia forlivese degli Orsi, che contavano sull’appoggio esterno di Antonio Maria Ordelaffi, il signore di Forlì spodestato da Girolamo nel 1480, del papa Innocenzo VIII e di Lorenzo de’ Medici, che non aveva dimenticato la complicità di Girolamo nella congiura dei Pazzi. La sera del 14 aprile 1488 i due fratelli Orsi, con la complicità di due guardie, entrarono nella residenza di Girolamo e lo uccisero a pugnalate, denudandone poi il cadavere e gettandolo dalla finestra.