Fu fatto uccidere il 7 maggio 1592 a Corte Gambaredolo, luogo di villeggiatura alla periferia di Castel Goffredo, dal nipote Rodolfo, marchese di Castiglione, per motivi di eredità. Infermo per la gotta. Alfonso era intento su una sedia a rotelle a nutrire dei pesci nelle peschiera della corte quando otto sicari lo aggredirono alle spalle, colpendolo prima con un colpo di archibugio quindi finendolo a pugnalate e gettandolo in acqua. In seguito all’uccisione di Alfonso Rodolfo occupò militarmente Castel Goffredo facendo prigioniere la moglie e la figlia di Alfonso, salvo essere costretto a liberarle per l’intervento pontificio. Gli otto sicari furono rintracciati: alcuni furono uccisi altri morirono in prigione. Rodolfo sarebbe stato a sua volta assassinato qualche mese dopo.