Fu ucciso per strada in Piombino mentre rincasava, la sera del 29 settembre 1589 da cinque sicari, Ciapino Pagnali, Filippo Ferracchio, Domenico Vecchioni, Giovanni Volpi e Mazzaferrata Mazzaferrati. Ferito da un colpo d’archibugio Alessandro fu poi finito a terra a colpi d’arma bianca. I cinque in realtà erano solo gli esecutori di una vasta cospirazione estesa a nobili famiglie di Piombino e soprattutto alla moglie di Alessandro, Isabella de Mendoza e all’amante di questa Felix d’Aragona, comandante la guarnigione spagnola di Piombino. Gli esecutori materiali del delitto furono in seguito catturati e giustiziati, Felix d’Aragona fu processato a Napoli e condannato al carcere a vita mentre la moglie Isabella riuscì a essere riconosciuta innocente e ad assumere la tutela del figlio Jacopo VII che successe al padre e divenne in seguito il 1º principe di Piombino